С наступлением весны 1859-го года преосвященный Игнатий весьма сочувственно отнесся к делу об улучше­нии быта крестьян с уничтожением крепостного права. Его глубоко огорчило кривое толкование воли государя-освободителя, извращение смысла слов «свобода», «воля», благоволением монарха дарованных своим подданным. По этому поводу преосвященным были сделаны два пред­ложения, разосланные циркулярно по епархии: в том и другом излагался евангельский взгляд на дело, и предла­галось духовенству руководствоваться этим взглядом в случаях сношения с прихожанами, когда эти будут обращаться за советом или вразумлением касательно кресть­янского вопроса.

Летом того же года преосвященный объезжал западную часть своей епархии; посетил приходы и монастыри Черноморья и около двух месяцев прожил в Тамани. С осени он занялся приисканием и устройством нового помеще­ния для семинарии, помещавшейся в наемном по контрак­ту доме, тесном и неудобном, которому уже приближался исходный срок найма. При содействии местного граждан­ского начальства состоялся весьма выгодный наем на про­должительный срок частных домов под это заведение, в нагорной и самой здоровой части города, рядом с церко­вью св. апостола Андрея Первозванного, что на архиерейс­кой лесной даче, примыкающей в этом месте к главной торговой площади города. Множество следственных дел, тя­нувшихся производством, множество давних неудоволь­ствий между прихожанами и духовенством, и еще боль­шее число дел возникших от немирных столкновений уез­дных гражданских властей с духовными или были оконче­ны мирными соглашениями, или разобраны и порешены; из множества их осталось разве ничтожное количество нео­конченных, так что вообще можно сказать, что епархия была приведена в полное благосостояние.

Но скорби не оставляли преследовать епископа Игна­тия и в этом его положении, а кончина митрополита Гри­гория лишила его ближайшего человека, принимавшего в нем дружеское участие. К тому же его постигла очень тяж­кая болезнь: натуральная оспа, соединенная с сильною го­рячкою. Продолжительно тянулось его выздоровление, силы его стали заметно слабеть, он решился проситься прямо на покой в знакомый уже Николо-Бабаевский монастырь, в конце июля 1861-го года, подал о том рапорт в Синод и обратился с письмом к государю императору.

Вот содержание этого письма:

«Августейший Монарх,

Всемилостивейший Государь!

Чувствуя изнеможение сил от болезненности, продол­жающейся около 40 лет, и постоянно питая в душе моей желание окончить дни в уединении, я подал в Святейший Синод рапорт, в котором, донося о состоянии своего здо­ровья, прошу об увольнении меня от управления епархией и предоставление мне в управление общежительного Ни­коло-Бабаевского монастыря, на Волге, в Костромской епар­хии, по тому образцу, как это делалось для многих архи­ереев, уволенных от дел епархиальных. То милостивое вни­мание, которого удостаивали меня Ваши Августейшие Ро­дители, называя меня своим воспитанником, дозволяет мне обратиться  к Вашему Императорскому Величеству, с все­подданнейшею и убедительнейшею просьбою. — Не во внимание к какой либо заслуге или достоинству, коих нету меня — в память Ваших почивших Родителей окажите мне милость, повелите удовлетворить моему прошению, даруй­те мне просимый приют, в котором я мог бы окончить в мире дни мои, вознося недостойные и убогие молитвы к Богу о благоденствии Вашем и всего Вашего Августейшего Дома, о покое и вечном блаженстве Ваших приснопамят­ных Родителей.

С чувствами верноподданническими благоговейнейшего уважения и совершеннейшей преданности имею счас­тье быть, и проч.

24 июля 1861 года».

Августа 5-го состоялось увольнение с назначением пенсии по 1 000 руб. в год; впоследствии она по высочайшему повелению увеличена прибавкою 500 рублей.

19-го сентября 1861 года государь посетил Кавказ, но в Ставрополе не был, а осматривая вновь покоренные зем­ли за Кубанью, спрашивал у графа Евдокимова (главная квартира которого была в Ставрополе) о преосвященном, и чрез него прислал ему орденские знаки св. Анны 1-й сте­пени, которые уже не застали владыку в Ставрополе, а от­правлены к нему по почте на новое место жительства.

При отъезде из Ставрополя, так же, как и прежде из Петербурга, у преосвященного не имелось собственных денежных средств он должен был опять прибегнуть к по­сторонней помощи, чтоб рассчитаться с некоторыми дол­гами и покрыть путевые издержки. На пути следования чрез Москву, он остановился у старого знакомца своего преосвященного Леонида, епископа Дмитровского, вика­рия Московского, и прогостил у него за болезнью до двух недель. — У него сделался нервный удар в правой ноге, и хотя принятыми медицинскими мерами и получил неко­торое облегчение, но с того времени стал постоянно стра­дать слабостью этой ноги.

Во время пребывания своего на Кавказе, преосвящен­ный Игнатий не оставлял своих духовно-литературных тру­дов. Кроме устно сказанных поучений, он написал здесь всю книгу «Приношение современному монашеству», состав­ляющую 4-й том его творений. В ней преподает он совре­менному монашеству советы жизни иноческой в правилах наружного поведения и во внутренней душевной деятель­ности, применительно к  тем многоразличным служениям, какие возлагаются на монашествующих в наше время. Со­ставил Слова: «О различных состояниях естества человеческого по отношению к добру и злу», «О видении духов», и «О спасении и христианском совершенстве».