После Балканской войны, принесшей освобождение христианам Балканского полуострова от турок (Македония и Фракия перешли под власть Болгарии, Греции и Сербии), не было уже оснований Экзарху Иосифу продолжать оставаться в Константинополе, и в 1913 г. он, оставив в Константинополе своего наместника, пере­ехал в Софию, где через два года скончался (20 июня 1915). После него в течение 30 лет самостоятельное развитие церковной жизни и выборы нового главы Болгарской Церкви встречали всевозможные препятствия. Делами Церкви ведал Священный Синод под предсе­дательством Наместника-Председателя, каким мог быть избран каждый из митрополитов на четырехлетний срок. Тем не менее Болгарская Церковь продолжала выполнять священный долг: учила свою паству православно верить и по вере православно жить, развивала благотворительную деятельность, заботилась о духовном просвещении. Свидетельством жизнедеятельности Болгарской Пра­вославной Церкви в данные годы является созыв в 1921 —1922 гг. Второго Церковно-Народного Собора, на котором были представи­тели всего православного болгарского народа. Собор упорядочил положение духовенства и решил различные вопросы, касающиеся внутреннего устройства Церкви, в частности выработал Устав, ко­торый вместе с Уставом Собора 1871 г. положен в основание ныне действующего.

Согласно Уставу 1871 г., Экзархат делился на епархии, благочиния и приходы. Высшим законодательным органом Экзархата являлся Поместный Духовно-Светский Собор (архиереи, клирики, миряне).

Высшими административными органами были: Священный Синод (из Экзарха и четырех епархиальных архиереев), занимавшийся делами чисто духовного порядка, и Экзарший Совет Мирян (из шести мирян), занимавшийся вопросами чисто светского характера (напри­мер, финансовыми). Дела, имевшие духовно-светский характер, реша­лись Смешанным Экзаршим Советом (Священным Синодом и Экзаршим Советом Мирян) под председательством Экзарха. В епархии административный орган составляли архиерей с епархиальным Сме­шанным  Советом  (три клирика и 5 —7  мирян),  в благочинии----благочинный также со Смешанным Советом Благочиния. Приход окормлялся священником, избираемым приходским Выборным Собранием.

На протяжении многих лет вносились изменения в данный Устав. Так, в 1883 г. в него введены статьи, касавшиеся, главным образом, ограничения участия мирян в управлении Церковью (упразднен Сме­шанный Экзарший Совет). Установлена пожизненность избрания Экзарха. В 1895 г. Устав был еще раз пересмотрен (обращено внимание на укрепление церковной дисциплины, а также на управле­ние монастырями и др.). (См.: И. Палъмов. Болгарская Экзархийская Церковь. Первоначальное и современное ее устройство. СПб., 1896. С. 49-89).

Церковно-Народный Собор 1921 —1922 гг. кодифицировал бол­гарские церковные законы. Выработанное им Положение (Устав) состояло из 568 статей. Основные принципы этого Положения заключались в синодальной системе церковного управления и в широ­ком участии в управлении мирян. Согласно данному Положению органами церковного управления были: 1. Священный Синод (весь епископат) ---высшая духовная власть в решении вопросов духовного характера (догматических, литургических и др.). 2. Духовно-Светское Собрание (духовенство и миряне) —законодательный орган для всей Церкви и Епархиальные Собрания (архиерей, клирики и миряне) ---- для отдельных епархий. 3. Постоянный (Малый) Священный Синод (из Экзарха и четырех архиереев по алфавитному списку епархий на двухлетний срок) ---административный орган Церкви. К админист­ративным органам относился и Церковный Совет (из двух клириков и двух мирян), избираемый Духовно-Светским Собранием на четыре года. Компетенции Церковного Совета подлежали дела Церкви фи­нансового и юридического характера. Решения его имели силу после одобрения Постоянным Священным Синодом. 4. Высший Церковный Суд при Священном Синоде (епископы, клирики и миряне) и Епар­хиальный Духовный Суд.