Почти два века болгарский народ находился под греческим игом. В 1185 —1186 гг. братья Петр и Асень организовали восстание против византийского владычества и освободили Дунайскую Болгарию. В пределах восстановленного Второго Болгарского царства была организована независимая Церковь во главе с Архиепископом. Резиденцией предстоятеля Церкви стала столица Тырнов.
Первый Тырновский Архиепископ Василий не был признан Константинопольским Патриархом. Но вскоре Тырновская Архиепископия настолько упрочила свое положение, что встал вопрос не только о признании ее как самостоятельной Церкви, но и о возведении ее предстоятеля в ранг Патриарха. Это произошло в 1235 г. после заключения болгарским царем Иоанном Асенем II с никейским императором Иоанном Дукой военного союза против Константинопольской латинской империи. Одним из условий данного договора было признание Тырновского Архиепископа Патриархом. В силу договора в том же году был созван церковный собор в городе Лампсаке (на восточном берегу Мраморного моря), который под председательством Константинопольского Патриарха Германа II, при участии множества архиереев, архимандритов и монахов греческих и болгарских признал «незабвенно и неотъемлемо» патриаршее достоинство за Тырновским «Архиепископом Иоакимом, мужем благоговейным и святым, просиявшим добродетельным и постническим житием». С решением собора согласились все восточные Патриархи, приславшие своему собрату «рукописание своего свидетельства».
Необходимо здесь же отметить, что Тырновская Патриархия явилась не новой Поместной Церковью, а, как и Охридская Архиепископия, ветвью прежней Болгарской Патриархии, ее законной продолжательницей.
Вторая Болгарская Патриархия просуществовала 158 лет — со дня признания ее в Лампсаке до покорения Болгарии турками (1235 —1393). За эти годы она достигла полного расцвета своих духовных сил и оставила церковной истории имена своих славных предстоятелей. Например Тырновский Патриарх св. Иоаким I, выдающийся подвижник Афона и пещерских монастырей на берегу Дуная, а в патриаршем служении прославившийся доступностью и милосердием. Другой Тырновский Патриарх Игнатий известен своей стойкостью и твердостью в православной вере во время Лионской унии (1274) Константинополя с католическим Римом. Но самой светлой личностью этого периода бесспорно является святитель Евфимий (с 1375 г.), имевший несчастье пережить падение своего царства. Это был ревностнейший архипастырь, все свои силы отдавший на благо родной Церкви, своего народа. Особенно много он потрудился в деле исправления богослужебных книг, за это его иногда называют болгарским Никоном. Патриарх Евфимий создал около себя целую школу писателей из болгар, сербов и русских и сам оставил несколько сочинений, состоящих из жизнеописаний болгарских святых, похвальных слов и посланий. В бедственную войну болгар с турками (1393) он, в связи с отсутствием царя, находившегося на полях битвы, был правителем и опорой бедствующего народа. Святитель показал высокий пример патриотизма, смело отправился в лагерь турок просить их о пощаде народа. Сам. турецкий полководец был изумлен таким подвигом Патриарха, принял его довольно ласково и отпустил с миром. Но после взятия Тырнова турки приговорили Евфимия к обезглавливанию, затем приговор заменили пожизненной ссылкой во Фракию. Год кончины доблестного иерарха неизвестен. В народе о нем сохранилась память как о национальном герое и благодетеле страны. Болгарская Церковь причислила его к лику святых.
С падением Второго Болгарского царства Тырновская кафедра вскоре была подчинена ведению Константинопольской Патриархии на правах митрополии. Таким образом, вместе с утратой политической свободы похоронена была и автокефалия Тырновской Патриархии. «Удар по политической независимости Болгарии, — свидетельствует современный болгарский историк Жак Натан, — являлся одновременно ударом по церковной независимости болгарского народа». Средоточием духовной жизни болгар осталась лишь Охридская Архиепископия, находившаяся под тяжелым игом греков-фанариотов. В 1767 г. и она прекратила свое существование. Болгары остались без своего духовного центра, вверенные попечению нежелательной для них греческой иерархии.