В 1018—1019 гг. византийский император Василий II Болгаро-бойца, завоевав Болгарию, признал автокефалию Болгарской Церкви, хотя и лишил ее патриаршего ранга, низведя до Архиепископии.К тому же Архиепископы Охридские (после кончины первого и последнего Архиепископа болгарина Иоанна), а вскоре и епископы, назначаемые теперь указом императора, были греки, и поэтому немногие из них заботливо относились к своей болгарской пастве. Таков был, например, Архиепископ Феофилакт, оставивший после себя в числе многих литературных трудов. «Благовестник», свидетельствующий о его архипастырской ревности и попечении об окормляемой им пастве.
В тесной связи с византийскими завоеваниями стоит возникновение и распространение в Болгарии ереси богомильской, явившейся своеобразным протестом против угнетения. Окружающую человека действительность богомилы понимали дуалистически. (См. подробнее о них в «Краткой истории болгарской философской мысли». М., 1977. С. 49 — 57, а также в труде Д. Ангелова «Богомильство в Болгарии». М.: ИЛ, 1954. 214 с. Перевод с болгарского.).
В XIV столетии в Болгарии получили распространение еретические учения адамитов (учили о равенстве всех людей, но иллюстрировали эту идею весьма своеобразно----один из ее проповедников, некий Лазарь, ходил по улицам Тырнова в «костюме» Адама), жидовствующих (осмеивали почитание Христа Спасителя, православную веру и проч.), варлаамитов (учили, что Божественный свет на Фаворе сотворен, отрицали иконопочитание).
Ереси эти были осуждены на церковных Соборах в Тырнове в 1350 и 1360 годах.
Хотя для первой Болгарской Патриархии и наступил закат, тем не менее Охридская Архиепископия, явившаяся законной наследницей Патриархата, стремилась продолжить его церковную миссию. Ее пастыри не прекращали совершение богослужений на славянском языке, содействовали сохранению и развитию славянской письменности, всеми возможными силами поддерживали и воспитывали патриотический дух среди своей паствы. Истинные чада Архиепископии считали ее средоточием духовной жизни покоренного болгарского народа и правомерной носительницей славы Болгарской Патриархии как во времена византийского гнета, так и после завоевания всего Балканского полуострова турками вплоть до 16 января 1767 г., когда в связи с проведением Константинопольской Патриархией
политики централизации Архиепископия была подчинена Константинополю на правах Преспанской митрополии. Именно в пределах Охридской Архиепископии—в Македонии—в XVIII веке зародились первые проблески болгарского возрождения. А в XIX столетии память о недавно упраздненной Охридской Архиепископии вдохновляла верных чад Болгарии на борьбу за восстановление независимости своей Церкви.