Многие нелегальные и вышедшие из объединения с христианами-баптистами общины пятидесятников из незарегистрированных на протяжении многих лет стре­мились к легализации своей деятельности. Вместе с тем они принимали все меры для того, чтобы добить­ся именно самостоятельной регистрации, а не в соста­ве объединенного братства ЕХБ. На протяжении многих лет пятидесятники в надежде легализовать свою деятельность обращались в различные административ­ные учреждения, обивали пороги советских и партий­ных ведомств. В итоге это возымело свое действие, и Совет по делам религий при Совете Министров СССР разрешил в 1968 году начать регистрацию наиболее ло­яльных общин неприсоединившихся пятидесятников на правах автономии³¹³, т.е. не в составе какого-либо сою­за, а отдельно каждую общину.

Чтобы получить разрешение на регистрацию на пра­вах автономии, необходимо было представить Устав общины с изложением взглядов на отношение к Со­ветской власти и ее законам о религиозных культах. Но даже после этого регистрация в большинстве слу­чаев проходила с большими трудностями. Советы на местах чинили верующим различные препятствия. Тем не менее значительная часть общин пятидесятников зарегистрировалась автономно. Это лишний раз пока­зало, сколь много было общин, не пошедших на объе­динение.с Евангельскими Христианами-Баптистами по принципиальным соображениям. С начала разрешения автономной регистрации до 1988 года было зарегистри­ровано более 200 таких общин³¹⁴.