Император Александр III, будучи глубоко религиозным, особенно ревновал ο благе Церкви. Ближайшим его сподвижником был обер-прокурор Св. Синода Κ. Π. Победоносцев, в молодые годы преподававший ему законоведение. В церковных и государственных вопросах они были единомышленны. Царствование благочестивого Государя ознаменовано церковными преобразованиями, ο чем будет упомянуто ниже.

   После кончины в 1882 г. митр. Макария московскую кафедру возглавил владыка Иоанникий (Руднев). Сын бедного диакона тульской епархии, род. в 1826 г., он окончил Киевскую академию, приняв перед ее окончанием постриг, причем восприемником его по монашеству был подвижник иеросхимонах Парфений. Во иеродиакона рукополагал его митр. Филарет. Первые 15 лет своего служения он посвятил педагогической деятельности, будучи в течение этого времени ректором киевской и петербургской академий. Последние 35 лет жизни Иоанникий служил Церкви в должности архиерея в пяти епархиях. В отношении подчиненных и учащихся он проявлял правду и милость, любовь к истине. Испытав нужду и лишения в юные годы, владыка проявлял горячее сострадание к бедным и вообще несчастным. Будучи архиереем, в Саратове и Нижнем Новгороде, он основал братство св. Креста для распространения истинно-христианского духовного просвещения, преимущественно в низших классах населения. Братство помогало архипастырю и в обращении раскольников. Будучи экзархом Грузии (1877-82), владыка Иоанникий сумел водворить и поддерживать мир в разноплеменной и легко возбудимой пастве. В Москве им основано было Кирилло-мефодиевское братство для распространения православного образования и просвещения среди народа. В 1891 г. владыка Иоанникий переведен был в Киев. С 1891 по 1893 г. московской епархией правил митр. Леонтий (Лебединский), до этого архиепископ варшавский. Заместителем его был владыка Сергий (Ляпидевский), ранее архиеп. херсонский.

   После кончины в 1882 г. митр. Киевского Филофея его преемником был, по почину самого Государя, владыка Платон (Городецкий). Сын священника тверской епархии, род. в 1803 г., он окончил киевскую академию, был преподавателем и инспектором петербургской академии, ректором костромской семинарии. Пробыв викарием литовской и псковской епархий, он занимал потом кафедры: рижскую, донскую и херсонскую, всюду проявляя свои административные способности. В Риге он укреплял православие, во Пскове деятельно боролся с расколом. В Донской епархии основывал единоверческие приходы и обращал в православие калмыков; в Киеве боролся с штундизмом. При нем в Матери городов русских торжественно праздновалось 900-летие Крещения Руси. Скончался митр. Платон в 1891 г. Преемником его был митрополит Иоаникий (Руднев).

   В 1892 г. скончался митрополит с. петербургский и ладожский Исидор, состоявший в сане священном 67 лет, в епископском - 58, в сане митрополита - 36 лет, служивший при четырех императорах. Докладывая государю ο кончине митр. Исидора, последовавшей от случайного заражения крови на руке, обер-прокурор Победоносцев, писал: "Трудно заменить этого старца. Он был учен, разумен, обладал громадною памятью н опытностью в делах. Взгляда был в делах широкого, чем многим отличался от многих духовных, и потребность данной минуты понимал сразу своим практическим житейским смыслом; и так в делах синодских был он твердой опорой для разумных распоряжений. Притом был невозмутимо спокоен, всегда весел и при добром сердце и уме обладал свойством всякой доброй русской натуры - юмором живым, но беззлобным." После него петербургскую кафедру возглавил владыка Палладий (Раев), экзарх Грузии (1887-92), до этого архиепископ казанский. В занимавшихся им ранее тамбовской и рязанской епархиях он основал миссионерские противораскольничьи общества. В Грузии владыка реставрировал многие памятники церковной старины.

   Выдающимися иерархами во второй половине XIX в. были: архиепископы херсонские Димитрий (Муретов), ум. в 1883 г. и Никанор (Бровкович), ум. в 1890 г.; Феофан (Говоров) еп. владимирский, впоследствии затворник Вышенский, ум. в 1894 г.; Арсений (Иващенко), еп. кирилловский, составивший "Летопись церковных событий и гражданских, поясняющих церковные события от рожд. Христова до 1898 г" (1830-1908); Арсений (Брянцев), архиеп. харьковский, до этого рижский и казанский; Димитрий (Самбикин), архиеп. казанский, ранее тверской, составивший "Месяцеслов русских святых, всею русскою церковью или местно чтимых" (1839-1908); Ювеналий (Половцев), архиеп. литовский, ранее еп. курский (1826-1904); Михаил (Грибановский) еп. таврический, видный богослов, рано скончавшийся (1898). В бытность его еще инспектором петербургской академии, Победоносцев так определил его в письме к имп. Александру III: "Это человек прекрасной души, ясного взгляда, ученый, образованный, благочестивый." Харьковскую епархию 19 лет возглавлял ревностный архиеп. Амвросий (Ключарев) известный проповедник (†1901 г.). Николай (Касаткин), архиеп. японский, с 1860 г. миссионерствовавший в Японии, скончавшийся в 1911 г.

Обер-прокурором в течение всего царствования императора Александра III был Константин Петрович Победоносцев (1827-1907). Дед его был священником московской епархии, отец - профессором московского университета. Образование он получил в Императорском Училище Правоведения, службу начал в Сенате, был потом профессором московского университета; его труд "Курс гражданского права" считается выдающимся; был он впоследствии почетным членом московского, петербургского, киевского, казанского и Юрьевского университетов и французской академии; при назначении обер-прокурором был уже сенатором и членом Государственного Совета. Его "Московский Сборник" ярко и отчетливо раскрывает ложь и вред современных ему политических и общественных движений, его проникновенные "Господские праздники" выявляют его глубокую религиозность. "Он имел и своих горячих сторонников, и противников. Но для церкви православной, которую он любил со всей силой своей богатой души, им сделано было столько хорошего, столько важного, что признание его великих заслуг для нее может быть утверждено и теперь. В этом отношении можно привести мнение лица, совершенно беспристрастного и непартийного и, вместе с тем, пользующегося известностью серьезного журналиста (Б. В. Глинский): "Сам вышедший из духовной среды, не порвавший с нею ни внешней, ни внутренней связи, человек горячо верующий и страстно и убежденно исповедующий православие, человек обширного ума и громадной эрудиции, лицо, приближенное ко Двору и имеющее непосредственный доступ к Престолу и Царской Семье ... он авторитетно и властно заявил и правительству и обществу: встаньте пред православным священником, поклонитесь с почтением и любовью перед его саном и отнеситесь благоговейно к той трудовой и полной сокровенного и высшего значения крестной ноше, которую он несет" ("Полный Прав. Бог. Энцикл. Сл." т. II. Дополнения. 1913).

В жизни церковной царствование императора Александра III ознаменовано существенными мероприятиями. Положено твердое начало по обеспечению всего духовенства жалованием. Установлены новые оклады жалования для войскового духовенства. Утвержден новый устав духовных консисторий. Возвышены оклады педагогическому персоналу духовно-учебных заведений. Духовенство поставлено во главе дела народного образования. Восстановлены многие, прежде закрытые, приходы. Увеличилось числа общин и монастырей. Оживилась деятельность духовенства созданием братств и обществ распространения религиозно-нравственного просвещения. Получило широкое развитие дело издательства духовно-нравственных книг для народа и открыто много духовно-народных библиотек. Созывались съезды: епископов - в Киеве, Петербурге, Казани и Иркутске; миссионерские всероссийские в Москве и окружные. В Киеве в 1894 г. происходил съезд преподавателей церковно-приходских школ. Заведены миссионерские курсы и учреждены особые кафедры при семинариях по изучению раскола и сектантства. Учреждены новые епархии: екатеринбургская, владикавказская, финляндская и забайкальская, и четыре новые семинарии ("Прав. Бог. Энц." т. I.).