В первое десятилетие царствования императора Александра II (1855-81) продолжал занимать выдающееся место в рядах иерархии митрополит московский Филарет. "К нему," пишет Знаменский, "как к последней инстанции, для решения всяких недоумений обращались с вопросами и Св. Синод, и разные государственные ведомства, и сама верховная власть. В тревожное время разнообразных реформ 1860-х годов осторожная и осмотрительная консервативность московского святителя спасала русскую жизнь от многих лишних увлечений преобразовательного движения и оказала услуги, которые еще трудно пока и оценивать." Владыке поручено было царем составление манифеста 19 февраля 1861 т. об освобождении крестьян от крепостной зависимости. 7 авг. 1867 г. церковная и государственно мыслящая Россия торжественно праздновала 50-летие его епископства. В рескрипте государя на его имя, в числе прочего, говорилось: "Высокие дарования, замечательные ученые труды, неустанная деятельность на благо духовного образования, строгое христианское благочестие открыли вам путь к высшему иерархическому поприщу." Константинопольский патриарх Григорий VII писал митрополиту: "Ήе одними русскими, но и всеми, так сказать, повсюду сущими православными чтится всегда с благоговением ваше славное и достойное имя..." Поэт Ф. И. Тютчев был на торжестве, происходившем в Троице-Сергиевой Лавре. В письме к жене он так пишет ο святителе: "...Мое место в приемном зале было в двух шагах от кресла, стоя перед которым провел он большую часть времени, принимая подносимые ему адресы и поздравления. Маленький, хрупкий, сведенный к простейшему выражению своего физического существа, но с глазами полными жизни и ума, он непобедимой высшей силой господствовал над всем, что происходило вокруг него..." ("Рус. Арх." 1899. т. III). 19 окт. 1867 г. митрополит Филарет скончался.

   В январе 1868 г. московским митрополитом был назначен архиепископ камчатский, Курильский и алеутский Иннокентий (Попов-Вениаминов), известный своей миссионерской деятельностью, которую продолжал и в Москве. О ней будет сказано в особой главе. Владыка заботился ο благоустройстве духовно-учебных заведений. "Он привлек к себе не только любовь духовенства, но и паствы, своей добротой, доступностью, простотой обращения. Он явил в себе образ любвеобильного отца-пастыря" ("Прав. Бог. Энц."). Замечательно его сочинение "Указание пути к царству небесному," написанное на русском, славянском и инородческих наречиях. Скончался владыка 31 марта 1879 г.

   В 1879 г. московскую кафедру возглавил владыка Макарий (Булгаков). Родившийся в 1816 г., сын сельского священника Курской г., он был впоследствии знаменитым богословом и историком, членом академии наук и почти всех русских ученых археологических и исторических обществ. Окончив киевскую академию, имея там выдающихся наставников богословов Иннокентия (Борисова) и Димитрия (Муретова), будущих архиепископов херсонских, он преподавал в ней историю церковную и гражданскую. Был он инспектором и ректором петербургской академии,, с возведением в 1851 г. в сан епископа. Занимал он затем кафедры тамбовскую, харьковскую и литовскую. Его главные труды: "Введение в Богословие," "Догматическое богословие," "История Русской Церкви" в тринадцати томах. "К научному и всякому умственному труду Макарий относился всегда с особенною симпатиею и всем труженикам науки всегда оказывал самое энергическое моральное, а часто и материальное содействие, завершившееся пожертвованием в академию наук всех денег, вырученных от продажи его сочинений, в количестве 120.000 руб., на премии за лучшие ученые и учебные сочинения... В 1869 г. им пожертвовано на премии за лучшие сочинения киевской академии 25000 р." ("Энц. Сл."). Митрополит Макарий скончался в 1882 г.

   Митрополит киевский Филарет (Амфитеатров) скончался в 1857 г., имея радость незадолго до кончины принимать в Лавре императора Александра II и его благочестивую супругу императрицу Марию Александровну. Преемниками его были до 1860 г. владыка Исидор (Никольский), затем владыка Арсений (Москвин), до этого возглавлявший кафедры тамбовскую, подольскую и волынскую. Опытный администратор, он отличался большою любовью и заботливостью в отношении монашества, много трудов положил на борьбу с молоканами. После его кончины в 1876 г. митрополитом был назначен архиепископ тверской Филофей (Успенский).

После кончины, в 1856 г., митрополита Никанора петербургскую кафедру возглавил владыка Григорий (Постников), ранее управлявший епархиями: калужской, рязанской, тверской и казанской (1784-1860). Окончив только что преобразованную Петербургскую Академию, он был потом ее ректором. Ему обязаны своим возникновением три духовных журнала: в Петербурге - "Христианское чтение" и "Духовная беседа," в Казани - "Православный Собеседник." Казанская академия обязана ему развитием своего миссионерского отделения. В Твери он часто посещал места, населенные раскольниками, их скиты и часовни, Е: сам вступал в беседы и прения с заблуждающимися. Был он доктором богословия. С. Рункевич пишет, что владыка "отличался широким образованием, твердостью в догматах и преданиях, ревностью к церковной службе и соблюдению церковного устава, проповедничеством, заботами ο водворении мира и любви между пастырями и пасомыми... строгим аскетизмом и тою прямотою характера, которая не допускала его быть причастным какой-либо партии. Он всегда был сам по себе и не стеснялся никому говорить правду открыто. Ни к кому он никогда не применялся, а между тем неуклонно шел по пути повышений, потому что умственная и нравственная сила делали то, что без него не могли обойтись. В бытность ректором академии и викарием (епископом Ревельским) ему пришлось принимать участие в руководящих сферах тогдашних религиозно-философских петербургских направлений - сначала мистицизма, а потом борьбы с ним. В бытность митрополитом он вступал в литературную полемику с развивавшимся тогда прοтивоверием ("Прав. Богосл. Энц."). Архиепископ Филарет в своем "Обзоре рус. дух. лит." приводит письмо владыки Григория, писанное в 1844 г.: "Связь с Петербургом я разорвал еще с 27 г.; никогда не чувствовал нужды в возобновлении ее и теперь конечно уже не возобновлю, потому что чем далее, тем живее чувствуется потребность связи с вечною столицею... Глубоко проник дух мира всюду. Старая дисциплина крайне ослабевает. Мы придумываем все меры укрепить ее: но дух, идущий со стороны, сильнее нас. Нет иного способа, как бороться неутомимо, пока есть силы и возможность. Да будет с нами Бог!" Митр. Григорий скончался в 1860 г.

Заместителем его был владыка Исидор (Никольский), перемещенный из Киева. Петербургскую кафедру он возглавлял 32 года. Сын диакона тульской епархии, род. в 1799 г., он окончил Петербургскую академию, был ректором орловской и московской семинарий; в 1834 г. был рукоположен митр. Филаретом во еп. Дмитровского, викария московского. Был он затем епископом полоцким, могилевским, помогая митр. Иосифу (Семашко). С 1844 г. владыка назначен был экзархом Грузии и в течение 14 лет устраивал сию древнюю Церковь. Любимым предметом научных занятий владыки было Св. Писание; принимал он участие в переводе Библии на русский язык. "Сам с первого года своей жизни сирота, митр. Исидор был внимателен к бедным и щедр на благотворение; человеколюбие я благотворительность составляют самое лучшее и видное украшение личного характера митр. Исидора. Особенно он много вложил забот в Импер. Человеколюбивое общество, главным попечителем которого он состоял 32 года" ("Прав. Бог. Энц.").

В устройстве Св. Синода последовали перемены: учреждено при нем в 1867 г. контрольное отделение, учреждено в том же году, вместо духовно-учебного управления, новое средоточие для духовно-учебного ведомства - учебный комитет, в роде прежней комиссии духовных училищ, в 1872 г. установлены для синодальных учреждений новые штаты.

После смерти гр. Протасова обязанности обер-прокурора в течение года исполнял его ближайший помощник А. И. Карасевский. В дальнейшем должность эту занимали: гр. Α. Π. Толстой (1856-62), ген. адют. Ахматов (1862-65), гр. Д. А. Толстой (1865-80) и Κ. Π. Победоносцев в самом конце царствования императора Александра II.

Граф Дмитрий Андреевич Толстой (1823-89) был видным государственным деятелем, службу свою начал в департаменте духовных дел иностранных исповеданий, через год после занятия должности обер-прокурора, назначен был и министром народного просвещения. Твердый администратор правых убеждений, он провел значительное усиление преподавания древних языков в гимназиях. При нем произведено было преобразование духовно-учебных заведений. С 1882 г. он состоял президентом академии наук.

Число епархий увеличивалось. В первой половине XIX в. особенно известны были иерархи: Антоний (Смирницкий), архиеп. воронежский, явившийся в мире живым напоминанием ο выполняемых заповедях Христовых, называвший себя "служкой святителя Митрофана," мощи которого при нем и были прославлены (†1846 г.). Мелетий (Леонтович), архиеп. харьковский (†1835 года), нетленно почивающий в гробу (†1840). Евфимий (Беликов), еп. саратовский (†1863). Михаил (Добров), еп. оренбургский (правивший в 1831-35 годы). Антоний (Амфитеатров), архиеп. казанский, воспитанный своим праведным дядей митр. Филаретом киевским (†1879). Иаков (Вечерков), архиепископ нижегородский (†1850). В 1827 г. затворником на покое в Кирилло-Белозерском мон. преставился еп. пензенский Амвросий (Орнатский). Все они отличались особой праведностью и глубоко почитались.

Херсонская и таврическая епархии возглавлялись с 1848 г. выдающимся иерархом, архиеп. Иннокентием (Борисовым), до этого правившим вологодской и харьковской епархиями. Род. в 1800 г. сын священника орловской епархии, он окончил первым Киевскую Академию; рано развился в нем дар проповедничества. Педагогическая деятельность его началась в петербургской семинарии; был он потом инспектором и профессором Петербургской Академии, сумевши оживить своими статьями и проповедями журнал "Христианское чтение." Преподавал он богословие основное, догматическое, нравственное, пастырское, обличительное. Будучи доктором богословия, он назначен был ректором родной Киевской Академии. "И здесь его гений сразу приподнял внутреннюю жизнь академии. В ней началась небывалая умственная деятельность и то десятилетие, в течение которого во главе ее стоял Иннокентий, справедливо может быть названо самым блестящим периодом ее истории... Повсюду оставил он по себе добрую славу мудрого администратора, неутомимого проповедника и просветителя. Особенно любил он вновь устраивать монастыри, строить и украшать церкви; много заботился об улучшении материального быта и подъеме образования сельского духовенства. Много хорошего сделал он (в Одессе) для славян и греков." ("Прав. Бог. Эн."). Он поддерживал оживленную переписку с очень многими архиереями и был в близких отношениях с современными ему четырьмя обер-прокурорами. Архипастырское мужество проявил владыка во время крымской кампании, посетив Одессу и Севастополь во время его осады. Скончался архиеп. Иннокентий в 1857 г.