Схиигумен Амфилохий (Яков Варнавович Головатюк) родился в селе Малая Иловица в Волынской губернии (ныне Шумский район Тернопольской области) в многодетной семье благочестивого крестьянина Варнавы Головатюка и был назван в Святом Крещении Иаковом.

В 1912 г. был призван в Русскую армию. Во время Первой Мировой войны Яков Головатюк храбро служил Царю и Отечеству, и был промыслительно назначен на фельдшерскую службу. В конце войны попал в австрийский плен. В 1919 г. с помощью Божией бежал, вернулся домой и помогал родителям в тяжелом крестьянском труде. В 1925 г. поступил в Почаевскую Лавру. Достойно пройдя все послушания, 8 июля 1932 г. был пострижен в монашество с именем Иосиф.

Очень быстро по всей Волыни пронеслась слава об отце Иосифе как о строгом подвижнике и искусном костоправе и лекаре. К древним стенам Лавры потянулись крестьянские повозки с больными не только из Волыни, но и из Буковины, Бессарабии и Галиции. Чтобы отцу Иосифу удобно было принимать страждущих, монастырское начальство перевело его из Лавры в домик на монастырском кладбище. Отец Иосиф воспринял это как великую милость Божию, позволившую ему вести в уединении жизнь исполненную тайных духовных подвигов. С первых дней своей жизни в монастыре он стал строгим постником.

Вскоре отец Иосиф, по неотступным просьбам приходящих, начал молиться об исцелении тяжелых и неисцельных недугов, и Бог посылал исцеления. Сам о.Иосиф всячески сдерживал распространяющуюся славу о своих чудесах: "Бог за ваше усердие к Почаевским святыням и за ваши слезные молитвы послал вам исцеление, а я, грешный человек, даже не дерзаю молиться ни о чем другом, как только о прощении моих грехов".

По молитвам отца Иосифа исцелялись многолетние неисцельные калеки, глухие и слепые. Многие после беседы с батюшкой получали утешение в скорби и разрешение трудных жизненных проблем. Но особенно много людей стекались к нему для исцеления от душевных недугов и избавления от злых духов.

Во время Великой Отечественной войны отец Иосиф безбоязненно проповедовал о скором избавлении от фашистских захватчиков, призывал хранить верность Патриарху Московскому и всея Руси и обвинял раскольников-автокефалистов в предательстве веры предков. В конце войны в Почаев на монашеское кладбище прибыл карательный отряд бандеровцев, чтобы расстрелять отца Иосифа. Но крестьяне узнав об этом дали знать в Лавру и братия, рискуя жизнью, укрыли его. После этого отца Иосифа перевели в Лавру.

После войны, когда начали усиливаться гонения на Церковь, отец Иосиф мужественно обличал безбожие и утверждал колеблющихся в православной вере. Многие высокопоставленные советские чиновники, после исцеления по молитвам старца своих близких, стали благочестивыми христианами, тысячи людей после общения со старцем пришли к вере.

В 1963 г. местные власти приняли решение о закрытии Почаевской Лавры. Монахи, как и простые верующие и паломники, подвергались репрессиям, ссылались и заключались в тюрьмы. Первым решили закрыть для богослужений построенный митрополитом Волынским Антонием (Храповицким) Троицкий собор, который своей византийской архитектурой и внутренним убранством был особенно ненавистен безбожникам. Почаевской обители судилось стать единственной Лаврой Руси в которой никогда не прерывалась молитва. Ее одну верующим удалось отстоять.

Отец Иосиф был одним из вдохновителей сопротивления народного сопротивления закрытию Лавры. Он круглосуточно служил в Троицком соборе акафисты и молебны над болящими. За это его однажды ночью схватили и, раздев донага, поместили в психиатрической больнице в палату для буйных душевнобольных. С большим трудом, благодаря заступничеству высокопоставленных людей, исцеленных по его молитвам, и ставшими его духовными чадами, все же удалось освободить отца Иосифа.

Обретя свободу, отец Иосиф поселился у родственников в родном селе. Очень скоро массы народа начали стекаться в это село. Власти установили у домика, где он жил, круглосуточный милицейский пост. Под воздействием "работы", проведенной милицией с одним из его родственников, тот вывез отца Иосифа в глухие места, и, жестоко избив, бросил его в декабрьские холода в воду. Утром отца Иосифа чудом нашли еле живого. Надежды на то, что он доживет до утра, почти не было и его ночью постригли в схиму с именем Амфилохий. Но Богу было угодно исцелить его.

Дабы не подставлять под гнев властей Лавру, отец Амфилохий уехал к родственникам. И опять люди ехали к нему из Грузии, из Молдавии, из Москвы, из Средней Азии, и Дальнего Востока. В летний период старца ежедневно посещало более 500 человек. После молебнов он всех усаживал за огромный стол, сооруженный во дворе для братской трапезы, после которой все пели церковные песнопения и духовные стихи.

Имея прекрасный бархатный баритон, отец Амфилохий знал их множество и все восхищались красотой его пения. Посвящая дни трудам, он целые ночи проводил в поклонах и слезной молитве. Отец Амфилохий учил, что корень безбожия в ожесточении человеческих сердец, неспособных вместить любовь Божию: "Грех, как сеть, опутывает сердце и злоба, как оковы, сковывает его. Злые люди убили праведного царя, злые люди глумяться над православным народом. Великое счастье, говорил он, что Господь сподобил нас родиться в православной стране, от православных родителей, в православной вере, а многие народы не знают Православия. Как же нам надо благодарить Бога за эту Его милость к нам!".

Старец предвидел свою кончину. Его неоднократно пытались отравить. Однажды, он после молитвы, перекрестил тарелку с предложенным ему супом, и она тотчас треснула. Не сказав ни слова и не глядя на хозяев, он тотчас ушел из их дома. За четыре месяца до своей кончины он со слезами сказал: "Ах, как страшно будет, когда застучит мерзлая земля по крышке гроба". 1 января 1971 г. он скончался.

Множество людей прибыли а Лавру со всех концов Советского Союза, не смотря на новогодние праздники. Почта была завалена телеграммами с просьбами отложить похороны, так как люди не успевали приехать.

И с тех пор, на протяжении более 30 лет, не было дня, чтобы на могиле старца не горели свечи, не служили панихиды, не молились паломники. Все это время не прекращались чудесные исцеления на его могиле.

11-12 мая 2002 г. 16 архиереев во главе с Блаженнейшим Владимиром митрополитом Киевским и всея Украины, совершили чин прославления преподобного Амфилохия. Честные мощи преподобного были обретены перед Пасхой совершенно нетленными. Несмотря на то, что о прославлении почти нигде не сообщалось, прибыло более 20 тысяч паломников, в том числе из Белоруссии, Молдавии, Москвы и Санкт-Петербурга. Когда в величественном Успенском соборе православный народ двое суток прикладывался к мощам преподобного, произошло множество исцелений.

Узнав о всенародном паломничестве в Почаевскую Лавру, в городе Почаев устроили свой съезд сектанты-харизматы, и организовали проповедь под стенами Лавры. Но по молитвам преподобного, они были посрамлены. Напрасно они ехали и трудились. Волны народного моря двигались мимо них в святые врата Лавры, истово осеняя себя крестным знамением. Бравурные ритмы заморских гимнов заглушал гром поющего народа-"Преподобне отче Амфилохие, моли Бога о нас!"