родился в 1718 году в сельце Бурнаково Романовского уезда Ярославской провинции, в родовом имении благочестивых дворян Игнатия и Ирины Ушаковых, и при святом крещении был наречен Иоанном. Когда Иоанну было шесть лет, у него умерла мать. Вскоре отец женился второй раз. Родители воспитывали Иоанна в вере и благочестии.

Когда Иоанн достиг совершеннолетия, его родители, как люди состоятельные, определили юношу на воинскую службу в гвардейский Преображенский полк в Санкт-Петербурге, где за особое усердие Иоанна вскоре произвели в сержанты.

Живя в столице, в довольстве, среди веселых и беспечных товарищей, среди раздольного быта и увеселений, обычных тогда в столице и гвардии, молодой Иоанн Ушаков легко мог бы со временем потерять свои благочестивые природные наклонности, но Господь не оставил юношу погибнуть в развращении, но сподобил его прийти к покаянию следующим образом.

Во время обычного шумного собрания гвардейцев-товарищей, в самый разгар веселья, один из юношей, бывший до того совершенно здоров и весел, внезапно упал замертво. Увидев умершего без покаяния товарища, Иоанн, словно очнувшись от обаяния мирских соблазнов, внезапно осознал всю непрочность того, что люди называют счастием.

Тотчас же решился юноша оставить всё: воинский чин, друзей, родителей и всю красоту этого мира, и тайно бежать в пустыню. Иоанн, наскоро собравшись, спешно выехал из столицы с одним слугой, как бы в родительский дом. Отъехав несколько верст от города, юноша отпустил слугу обратно, а сам переоделся в нищенскую одежду и пошел на берега Двины в поморские леса. Там молодой подвижник нашел в чаще опустевшую келью и жил в ней один более трех лет, подвизаясь в посте, молитве и терпении скорбей.

Вскоре местное начальство усилило гонения на раскольников, селившихся в северных лесах, и пустынников, проживавших без документов. И Иоанн вынужден был перейти в Площанскую пустынь Орловской губернии. Там Иоанна поселили в одной из отдаленных келий в лесу. Но при очередной проверке Иоанн был взят как неимеющий вида. При допросе он откровенно сказал, что тайно ушел из службы в гвардии, а потому сразу был доставлен в Санкт-Петербург к императрице Елисавете Петровне.

По Петербургу, а в особенности в гвардейских полках, быстро пронеслась весть, что сержант Ушаков сыскан. Многие собрались посмотреть на молодого подвижника. За прошедшие шесть лет Иоанн сильно изменился, и трудно было в этом изможденном постом человеке узнать блестящего гвардейца, веселого товарища по столичным забавам и развлечениям. От великого воздержания Иоанн был сух и бледен лицом, одет лишь во скудную власяницу, подпоясан простым ремнем. Видя это, многие умилялись и клали в своем сердце намерение оставить мир. Императрица предложила Иоанну вернуться в полк в прежнем звании, но он попросил только одного: «Дайте мне умереть монахом». Он просил разрешения подвизаться в Саровской пустыни, но для принятия монашеского пострига его оставили в Александро-Невской лавре Санкт-Петербурга.

После трех лет послушания 13 августа 1748 года тридцатилетний Иоанн Ушаков был пострижен в монахи с именем Феодор. При постриге присутствовала императрица Елисавета Петровна.

Видя и зная истинно подвижническую жизнь прп. Феодора, Государыня была к нему по-матерински милостива и внимательна, А Наследник, впоследствии император, Петр Феодорович и вовсе любил при случае повторить, что в «Александро-Невском монастыре только один монах – Ушаков», уважая его подлинное благочестие и добродетели. Вскоре петербургские жители, хотящие жить в мире богоугодно, начали приходить к нему за советом и утешением. Но жившие в обители ученые монахи, из зависти, а затем и ненависти, начали жаловаться, что простой-де монах привлекает к себе народ, беспокоит обитель и производит соблазн. Чада старца многие годы всё терпели со смирением, принимая поношения с радостью. Но настолько возросла злоба вражия, что уже и к смерти готовился святой Феодор, но не желая мстить, все терпел великодушно, молясь за своих обидчиков, хотя и имел возможность доложить императрице о творящихся беззакониях.

Потерпев таким образом девять лет, прп. Феодор просил начальство Лавры отпустить его в Саровскую пустынь. Получив желаемое увольнение, преподобный исходатайствовал у Св. Синода отпускные грамоты для своих духовных чад, желавших следовать за старцем в Саров, и в 1757 году выехал из Петербурга.

Прибыв в г. Арзамас и не доезжая 60-ти верст до Сарова, старец поместил немногих своих учениц в девичьем Никольском монастыре, а сам с учениками поселился в Саровской пустыни. Вскоре умножившиеся ученицы преподобного были переведены в Алексеевскую общину, где жили в строгом следовании уставу, данном старцем.

Прожив в Саровской пустыни два года, отец Феодор, видя растущее число своих учеников, счел неудобным руководить ими, так как и сам был лишь послушник саровский. Наученный горьким опытом старец просил отцов саровских дать ему обедневшую Санаксарскую обитель, находящуюся в трех верстах от уездного города Темникова, на левом берегу реки Мокши.

В 1759 году преподобный переселился в Санаксарскую пустынь со всеми своими учениками. К приезду о. Феодора единственная церковь обители была ветха и бедна, деревянные кельи и ограда почти развалились, кровли сгнили. Много старания пришлось приложить старцу для возрождения Санаксарской обители.

13 декабря 1762 года о. Феодор был рукоположен в иеромонаха и назначен настоятелем. Настоятелем прп. Феодор был твердым и строгим.

Высочайшим указом от 7 марта 1765 года велено было Санаксару именоваться монастырем. По причине умножения братии была построена каменная двухэтажная церковь.

Из числа учеников старца впоследствии вышло несколько настоятелей, вдохнувших новую иноческую жизнь в упадавшие монастыри. Сам преподобный управлял двумя монастырями: своим и женским Алексеевским (община в Арзамасе), который он основал.

По несправедливому обвинению в 1774 году «Оного Феодора, лиша настоятельского и иеромонашеского звания, отослать яко человека безпокойного простым монахом в Соловецкий монастырь, препоручив начальнику оного монастыря неослабное за ним смотрение». Девять лет прожил святой страдалец в Соловецком монастыре в самом строгом заточении. По ходатайствам его учеников дело о. Феодора было пересмотрено, и велено было возвратить старца в Санаксарскую обитель в прежнем сане иеромонаха.

И опять многие из приезжавших и из братии стали ходить для наставлений и бесед к о. Феодору. Настоятель, хоть и бывший ученик старца, посчитал себя униженным и стал жаловаться епархиальному начальству, будто тот смущает обитель. Вследствие разбора дела, вход к о. Феодору, даже с духовными нуждами, был воспрещен. По прошествии нескольких лет, в 1788 году, настоятель о. Венедикт умер. После его кончины преподобный, получив свободу и разрешение на выезды, поехал в Арзамас к своим духовным детям. Это посещение Арзамасской общины было последним. Потом он заехал в Саровскую пустынь и поспешил в Санаксар. Там после беседы с учениками душа преподобного старца Феодора мирно разлучилась с телом. Тело его, хотя и лежавшее в теплой келье до погребения, не издавало запаха тления.

На могильной плите была сделана надпись: «Здесь погребен 73-летний старец иеромонах Феодор, по фамилии Ушаков, возобновитель Санаксарского монастыря, который пострижен в Александро-Невской Лавре, продолжал монашеское житие 45 лет; со всеми видами истинного христианина и доброго монаха 19 февраля 1791 года скончался».