Второе послание Иоанна Богослова, подобному третьему его посланию, а также посланию Апостола Иуды, в древней Церкви до IV века принадлежало к так называемым "пререкаемым" (αντιλεγόμενα) писаниям, как свидетельствуют о том Ориген (у Евсевия, Ц. Ист. VI, 25), блаженный Иероним ("О знаменитых мужах" гл. XIX) и Евсевий (Ц. И. III, 25). При этом из творений Евсевия и блаженного Иеронима известно, что второе и третье послание иногда некоторыми приписывалось некоему пресвитеру Ефесскому Иоанну, упоминаемому Папием (у Евсевия, Ц. И. III, 39): гробницу у этого Иоанна-пресвитера показывали также в Ефесе, где была и гробница святого Апостола Иоанна Богослова (там же, и у блаженного Иеронима "О знаменит, мужах," гл. IX). На этом основании и многие новые исследователи усвояют 2-е и 3-е послания Иоанна этому пресвитеру Иоанну, иногда же Апостолу Марку, называемому Иоанном в книге Деяний апостольских (12:12,25; 15:37). Поводом к сомнениям в апостольском происхождении послания служили частью краткость послания и малоизвестность его, обусловленная назначением его к частному лицу – "избранной госпоже и детям ее" (ст. 1), частью отсутствие имени Апостола в надписании послания (Апостол называет себя только пресвитером). Но неупоминание послания в первые три века и ненахождение его, напр., в Сирийском переводе Пешито II века еще не говорят о сомнении древней Церкви в апостольском написании и авторитете послания. Наряду с колебаниями отдельных церковных писателей стоят авторитетные свидетельства других представителей Церкви в пользу принадлежности послания Апостолу и евангелисту Иоанну.

Канон Муратория упоминает о нескольких посланиях Апостола Иоанна. Святой Ириной Лионский, бывший учеником святого Поликарпа Смирнского, ученика самого Апостола Иоанна, приводит слова 2 Ин. ст. 7,8,10-11 (о лжеучителях и воспрещении общения с ними), как подлинные слова ученика Господа (Adv. haer. III, 16. 8). Климент Александрийский написал и на это послание, как на истинно апостольское произведение, свое толкование. Дионисий Александрийский (у Евсевия, Ц. И. VII, 25) и Ориген (у Евсев. Ц. И. VI, 25) признают 2 Иоанна писанием Святого Апостола Иоанна. К тому склоняются и сами Евсевий (Demonstr. Evang. III, 5. Ц. Ист. II, 23) и блаженный Иероним (еpist. ad. Euagr. 80). И хотя сирийский перевод Пешито не имеет этого послания однако святой Ефрем Сириянин цитирует его, как подлинное. Самый дух и характера послания и заметное, несмотря на его краткость, сходство содержания и языка с первым посланием тоже должны убеждать читателя послания в принадлежности его великому Апостолу любви. Включение же его в конце IV века Церковью в канон священных книг (на соборах: Лаодикийском 364 г. прав. 60 и Карфагенском 397 г. прав. 47) устраняет всякие сомнения в написания послания святым Апостолом и евангелистом Иоанном Богословом.