В царствование имп. Александра I, во время мистических увлечений, секта хлыстов действовала свободно. К ней примкнуло довольно много лиц даже из образованных кругов, составивших целый "корабль" около Екатерины Татариновой ур. Буксгевден. После смерти мужа, она, поселясь в Петербурге, завязала связи с хлыстами и скопцами, бывала на их радениях. ее сектантская деятельность началась с 1817 г. Она уверяла, что почувствовала дар пророчества, перейдя в православие из лютеранства. Главную роль в ее секте играл музыкант кадетского корпуса Никита Феодоров - "Никитушка." Как упоминалось, на ее радениях бывали главные деятели Библейского общества, включая кн. А. Н. Голицына. Собрания про исходили в ее квартире в Михайловском дворце. Потом она образовала вроде хлыстовской колонии около Московской заставы, где радения ее продолжались 12 лет. В царствование имп. Николая I положен был конец ее деятельности. В 1837 г. колония была закрыта. Секретный раскольничий комитет, рассматривавший это дело, высказал мнение ο необходимости прекратить существование этого вредного общества. Комитет полагал главных сектантов разослать по монастырям, а остальных отдать под надзор полиции. Имп. Николай I утвердил это решение. Татаринова была послана под строгий надзор в Кашинский Сретенский женский мон., где пробыла 10 лет. В 1847 г., когда она письменно обязалась оказывать повиновение православной Церкви и не участвовать в не благословенных Церковью обществах, она была освобождена. Умерла она в 1856 г. в Москве.
Основатель секты скопцов, Кондратий Селиванов, в царствование имп. Александра I, был выпущен из сумасшедшего дома и совершенно спокойно жил в Петербурге. Время с 1801 года скопцы называли "счастливым временем," "золотым веком." К скопчеству примкнуло несколько лиц из образованного общества. В 1819 г. было дознано, что оно стало проникать в армию. Тогда против него приняты были строгие меры. Селиванов подвергся увещанию и в 1820 г. сослан в суздальский Спасо-Евфимиев мон. Но скопчество не прекращалось. К 1832 г. едва ли можно было найти губернию, где не существовали бы скопцы. До самой смерти (в 1832) Селиванова в монастырь стекались скопцы, увозившие, как святыни, волосы учителя своего, остатки хлеба, от него полученного и пр. В 1832 г. имп. Николай I приказал принять строгие меры против этой изуверной секты. Она была признана самой опасной; грозило преследование за самую принадлежность к ней. Скопцы переселялись в Турцию и Румынию.
В 1801 г., с воцарением имп. Александра I, возвращено было на родину множество духоборов, сосланных в Сибирь. Вожаком их продолжал быть, упоминавшийся ранее (стр. 700) отставной капрал гвардии Савелий Капустин. "Капустин был высокого роста, мужественного сложения; его осанка была величественна, походка и взгляд невольно внушали уважение; он владел красноречием, умом и особенно замечательною памятью, так что знал наизусть всю Библию и помнил все, что когда-либо читал. По своей натуре и по своему положению в среде духоборцев Капустин имел сходство с известным Иоанном Лейденским, анабаптистским королем в Мюнстере. При выходе Капустина народ падал на колени, кланялся ему и воздавал божеские почести." ("Прав. Бог. Энц."). Он организовал быт духоборческой общины. Умер в 1820 г. При нем состоялось переселение духоборцев на т. н. "Молочные воды" - незаселенная местность мелитопольского у таврической губ. Туда духоборы были выселяемы с 1820 г., чтобы пресечь пропаганду ж освободить от совместного жительства с православными, враждебно к ним относившимся. При этом им давалась на подъем ссуда из казны, льгота от податей на 5 лет и земельный надел по 15 десятин на душу. Вследствие такого благожелательного к ним отношения секта духоборцев распространилась еще шире, чем в XVIII в. В царствование имп. Николая I секта объявлена была вредной; усилена строгость взысканий за ее распространение. Переселение на Молочные воды, где насчитывалось уже в 1808 г. девять деревень, было прекращено. Взамен этого духоборов стали выселять на пограничную линию за Кавказ; в 1839 г. туда же перевели их и из Молочных вод. В Закавказье ими управлял Петр Калмыков, потом его жена Лукерья. Позднее из духоборчества выделилась партия т. н. "постников," во главе с Петром Веригиным, усвоивших некоторые воззрения гр. Льва Толстого. В 1898 г. последние переселились в Канаду. Сибирских духоборцев тоже переселяли подальше от православных. Позднее духоборцы выселились в Соед. Штаты Северной Америки.
В 1835 г. у молокан (см. стр. 701-2) появилось учение ο близком наступлении царства Христова в Новом Иерусалиме где-то близ Арарата, заимствованное из проникшей к молоканам книги Юнга Штиллинга "Победная песнь." Так как по учению Штиллинга до этого должны прийти Илия и Энох, то в 1833 г. мелитопольский молоканин Терентий Беловзоров провозгласил себя Илиею и объявил, что в известный день вознесется на небо. Когда этого, естественно, не случилось сами молокане отдали его в руки полиции. Другой "пророк" убеждал их переселяться на Кавказ, где начнется тысячелетнее царство. Появлялись и другие подобные лица.
Все перечисленные секты не мало пользовались для своих учений разными мистико-протестантскими учениями, издавна бродившими на юге России, где было много иноверных колонистов с запада. Во второй половине XIX столетия по всей Малороссии быстро стала распространяться новая секта штундистов (штунде - час). Среди православных новое вредное течение возникло впервые в деревне Основа, одесского у. и первым пропагандистом был там крестьянин Онищенко. Гораздо большее значение имела деятельность его ученика, крестьянина Михаила Ратушного. По признанию последнего, он усвоил свои воззрения от немцев, вероятно, сектантов назарян колонии Рорбах, находящейся в 12 вер. от его села. Секта, разрастаясь, официально была обнаружена к концу 1870 г. в ряде местечек Херсонской губ. В это же время она уже существовала два года в Таращанском у. Киевской губ. В семидесятых и восьмидесятых годах штундизм распространился по всему югу России, заходя на севере в Орловскую губ. Позднее он появился в губерниях Калужской, Нижегородской, Оренбургской, Пензенской, Самарской, Саратовской, Тамбовской, Рязанской, Смоленской и в самой Москве. Штундисты отрицают таинства, обряды, посты, православную иерархию, имея, вместе с тем, своих пресвитеров, учителей и служителей. Источником богопознания они единственно считают Св. Писание Ветхого и Нового завета, предоставляй каждому толковать его по своему усмотрению. Пропаганда штундистов, все усиливавшаяся, заставила правительство в 1894 г. объявить секту более вредной, с запрещением участникам ее общественных молитвенных собраний. Против них велась большая миссионерская работа, устраивались особые собрания, в которых изобличались их лжеучения.
В Россию проникли также баптисты - протестантская секта, образовавшаяся в Англии в 1633 г., в Сев. Америке в 1639 г. До середины XVIII в. - создания "Проповеднического союза" - баптизм развивался слабо. Союз этот поставил себе задачей распространение христианства вообще без догматов и обрядов. Новый баптизм привлек к себе крупные средства, распространился и в Азии - Китае, Японии, Индии. В 1814 г. в Соед. Штатах образован был "Баптистский Союз." В конце XIX в. последний содержал 35000 миссионеров. В Германии средоточием его был г. Гамбург, откуда он проник в Россию. Баптисты подготовили в России почву иудействующей секте адвентистов седьмого дня. Проникла она из Соед. Штатов в 80-х годах XIX в. и укрепилась в немецких колониях таврической губ. В 1901 г. в России было 137 общин с 13 проповедниками. (Священник Александр Колесников. "Курс сравнительного богословия." 1957. Джорданвилль.).
Были также в России ирвингиане (секта создалась в тридцатых годах XIX в. в Лондоне по имени пресвитерианского проповедника Эдуарда Ирвинга), меннониты (протестантская секта, основанная католическим священником Симоном Менноном, преобразовавшим секту анабаптистов) и др. небольшие секты местного происхождения. В 1874-75 гг. явилась еще секта пашковцев, во главе которой стал полковник Β. Α. Пашков, представитель богатой дворянской семьи, Он проповедовал протестантско-мистическое учение некоего английского лорда Редстока, проповедника, бывшего в Петербурге в 1874 г. К ней примкнули некоторые представители высшего общества. Секта эта успеха не имела, как и противоцерковные идеи гр. Л. Н. Толстого."
В июле 1908 г. на Всероссийском Миссионерском Съезде в Киеве было установлено, что из всех многочисленных сект, обуревающих русскую Церковь, самой воинственною, сильною своей организацией и духом прозелитизма можно считать секту штундистов, которая со времени объявления 17 апр. 1905 г. вероисповедной свободы с поразительной быстротой, под видом баптизма и евангельского христианства стала распространяться по всему государству. Все так называемое "евангельское движение" в России объединилось в 1907 г. на конференции в С. Петербурге в один "Всероссийский Евангельский Союз," а во главе другого движения штундизма, слившегося с пашковцами, стоял "Евангельский союз." Наряду с этим усилилась и деятельность секты адвентистов. Обсуждал съезд и вопрос ο борьбе с атеизмом и с социализмом, как с мировоззрением глубоко атеистическим и материалистическим. С докладами по этим вопросам выступал прот. И. Восторгов и епархиальный миссионер И. Г. Айвазов. Постановления, доклады и резолюции съезда были напечатаны в синодальном журнале "Церковные Ведомости." С Великого поста 1909 г. при Синоде возобновились занятия учрежденного в феврале 1908 г. особого совещания по вопросам внутренней и внешней миссии. На обсуждение этого совещания переданы были и постановления Киевского Миссионерского съезда. Определением Синода от 4-6 июня 1909 г. решено было, по представлению архиеп. Антония (Храповицкого), ввести с начала 1909-10 учебного года в курс преподаваемого в семинариях нравственного богословия особый отдел разбора и опровержения социализма, предложив в руководство временно, до составления по сему предмету программы, выработанные владыкой Антонием и миссионером Айвазовым программу и объяснительную к ней записку, напечатав в синодальной типографии в потребном количестве. Вопрос ο борьбе с сектантством обсуждался в июле 1910 г. на Сибирском Обще-Миссионерском съезде в Иркутске. (Епископ Никон (Рклицкий). "Жизнеописание Блаженнейшего Антония, митрополита Киевского и Галицкого." Том III. Нью-Йорк. 1957).