В 1808 г. в России были четыре духовных академии: киевская, московская, петербургская и казанская, 36 семинарий, до 115 низших духовных училищ, с числом учеников, простиравшимся до 28000 человек.

   На основании комитетского проекта 1808 г., ο котором упоминалось (стр. 726), все духовные школы в первый раз были объединены под управлением Комиссии дух. училищ в виде особого духовно-учебного ведомства, являвшегося отделением синода. Непосредственный надзор за средними и низшими учебными заведениями составлял обязанность академий. Ведомство разделено на академические округи и получило общие однообразные уставы. Академии оставлены с одним высшим образованием для воспитанников, уже окончивших семинарский курс. Семинариям - по одной на епархию - предоставлено среднее духовное образование. Низшие училища - уездные (по 10 на епархию) и приходские по благочиниям (по 30 на каждую епархию) должны были разделить между собою труд низшего образования детей. Число всех школ на деле не достигло до предположенных цифр. Низших школ открыто было всего до 300. Академий оставлено три, т. к. казанская была в 1818 г. на время обращена в преобразованную семинарию с присоединением ее округа к московскому. Она открыта была вновь в 1842 г. Основные предположения 1808 г. были в значительной мере осуществлены. В 1814 г. были изданы их уставы, написанные отчасти Сперанским, главным же образом владыкой Феофилактом. По своему общему характеру, все духовные школы созданы были в виде сословных школ смешанного типа, с общеобразовательным и специальным курсами вместе. Образование в них по прежнему сделано обязательным для детей духовенства. Число учеников семинарий дошло в царствование имп. Александра I до 46000. Курс низших школ имел общий элементарный характер, вследствие чего в эти школы дозволялось принимать учеников и из других сословий. В семинариях, составленных из трех двухгодичных отделений, называвшихся по главным своим предметам риторикой, философией и богословием, последнее отделение имело специальный духовный характер. В академиях курс делился на два двухгодичных отделения - общеобразовательное и специально богословское. Студенты академий по окончании курса удостаивались степеней кандидата и магистра и особых окладов по этим степеням, если они примут священный сан. В 1814 г. комиссия дух. училищ удостоила несколько духовных лиц степени доктора богословия, тоже получавших особые оклады. Магистры и доктора в священном сане получали особые кресты. С 1820 г. на содержание всех духовных школ отпускалось 1 674 120 руб. Все школы пришли после этого в заметное оживление; повсюду началась стройка и перестройка зданий, улучшилось содержание учителей и казеннокоштных учеников. (Знаменский).

   В духовных учебных заведениях воспитание должно было вестись в духе евангельском. Часть предметов была яснее определена, чем прежде, другие введены вновь. Таковыми новыми были: математика, ранее почти неизвестная, история всеобщая и церковная, преподававшаяся кое-где, языки - еврейский, немецкий и французский, по временам звучавшие в академиях и почти никогда в семинариях. Греческому языку назначена была важность одинаковая с латинским, тогда как прежде вовсе не слыхали его в училищах и редко в семинариях. Введена была герменевтика, которой в семинариях не знали, хотя по местам толковали св. Писание. Даже в киевской академии только с 1798 г. стали преподавать герменевтику и церковную историю. План образования, начертанный Комитетом, мог быть Приведен в исполнение только постепенно. Академия нового образования сначала была открыта в 1809 г. только в Петербурге.

В том же году открыты были низшие заведения по новому плану в петербургском округе. Способным людям поручено было приготовить учебные книги. Скоро появились "Библейская история" Филарета (Дроздова), превосходное руководство для академий, и "Церковная история" Иннокентия (Смирнова). В то же время разосланы были по семинариям конспекты богословских и философских наук. Первый курс петербургской академии кончился благополучно. Из числа воспитанников его явились впоследствии митрополит и 7 архиепископов. Из начальников же - 3 митрополита, 2 архиепископа и 2 епископа. В 1814г., когда окончился этот выпуск, он мог дать способных наставников для семинарий. В 1814 г. явилась возможность по новому плану открыть московскую академию в Троицко-Сергиевой лавре. Тогда же введено преобразование в семинариях петербургского и московского округов. Дело все более развивалось. В 1822 г. на основании опыта напечатаны были подробные проекты уставов для академий, семинарий и училищ. В продолжении 16 лет число учащихся возросло от 30000 до 46000, а число училищ вдвое. К концу царствования имп. Александра I уже и в селах много было священников, получивших полное семинарское образование, тогда как при имп. Екатерине и в городах бывали неученые священники.

Правительственные отпуска на содержание школ повышались. Но все же положение в семинариях было еще тяжелым. Дело в том, что, вследствие бедности духовенства, училищные начальства вынуждены были принимать на казенное содержание много бедных учеников сверх штата. В следствии этого приходилось сокращать то, что шло на содержание штатных бурсаков. Приходилось из семинарских окладов помогать низшим школам. В 1836 г. - в царствование имп. Николая I - последовала новая прибавка к училищным окладам. В том же году предприняты были самые деятельные меры к совершенному преобразованию духовного юношества; по Высочайшему повелению, изданы в свет коренные уставы Вселенской Церкви, как основание канонического права, не имевшего места в программах духовно-учебных заведений прошлого времени; сделаны главными руководствами в преподавании догматического богословия "Изложение православной веры," написанное восточными патриархами, и "Православное исповедание веры," составленное Петром Могилой; в академиях и семинариях введено учение об отцах Церкви и распространено на все три отделения преподавание специальных богословских наук; возобновлено издание книги Стефана Яворского "Камень веры" и, наконец, про странный катехизис московского митрополита Филарета, совершенно переработанный автором, согласно с строгими требованиями древнего православия, введен в 1839 г. в повсеместное употребление, в качестве школьного руководства по Закону Божию. (Благовидов).

В 1840 г. введены были науки - патристика, пастырское и собеседовательное богословие и, кроме того, знания чисто практического характера - сельское хозяйство, съемка и черчение планов, медицина и оспопрививание, иконописание. Богословские предметы перенесены были и в общеобразовательные классы, философия признана была в семинариях ненужной и из нее оставлены только логика и опытная психология.

В шестидесятых годах произведена была новая реформа, вызванная разными недочетами, в особенности же тяжелым материальным положением школ в которых казеннокоштные ученики голодали, здания оставались без ремонта, учителя же уходили в другие ведомства. Новая реформа обсуждалась с 1860 по 1866 гг. Наряду со специальными комиссиями, обсуждали ее епархиальные архиереи, ректоры, академические советы и даже печать. Правительство ассигновало казенное пособие школам в размере полутора миллиона руб. В мае 1867 г. духовно-учебное управление заменено было духовно-учебным комитетом и утверждены новые семинарский и училищный уставы, а в 1869 г. академический устав. Администрация духовно-учебной части получила новый вид. Она была сосредоточена в одном духовно-учебном комитете. Академические округи были упразднены и академии освобождены от несвойственных им административных забот. Во внутреннем управлении дух. школ проведено начало самоуправления и начало выборное, касавшиеся всех должностных лиц, кроме ректоров академий. Таким образом во всех делах заинтересованными оказались члены учебного и педагогического составов учебных заведений. В делах семинарий и училищ призвано было к участию и местное духовенство, выбиравшее своих представителей в правления учебных заведений. Учебная часть семинарий и училищ была организована с более стройным распределением предметов общеобразовательного и специального курсов. Для сокращения семинарского курса из него были выпущены даже библейская история, учение ο богослужебных книгах и патристика; обширнее было поставлено преподавание философии. Нововведением и в семинариях и в академиях было преподавание педагогики, при котором имелось в виду ближайшее участие духовенства в деле народного образования. Самой благотворной стороной новой учебной реформы было возвышение духовно-училищных окладов, прекратившее прежнее бедственное состояние дух. школ. Свечной сбор в 1870 г. был заменен процентным со всех церковных доходов, по 10-21 процентов с каждой церкви. В царствование имп. Александра III издан в 1884 г. новый устав духовных академий и семинарий. Профессорам и учителям возвышены оклады содержания и пенсий, применительно к положению министерства народного просвещения.